赤井和琴酒之间的关系复杂又扭曲，赤井不知道琴酒的想法，但他对琴酒既有忌惮警惕，又有欣赏着迷，可能他的好奇心真的会烧死他，琴酒的神秘和强大无时无刻地吸引着他，让他想要探究清楚琴酒这个巨大的谜团。他既想要逮捕琴酒，又不想要失去这个宿敌恋人先生。
赤井和真纯解释不清楚，只能让她好好读书，大人的事情，大人自己会处理的。
当然在赤井恢复本来的模样后，他自然被小哀认出来了。小哀见过诸星大，并且知道黑麦的真名是“赤井秀一”，只不过赤井回日本后一直没和她碰到过。小哀当然无法接受赤井和琴酒谈恋爱的事情，赤井不仅甩了她姐姐，欺骗了她姐姐的感情，还和杀了她姐姐的琴酒在一起了。
赤井也没有办法面对小哀，无论用什么理由，都没有办法获得小哀的原谅。赤井困扰了一阵后，只能选择逃避可耻但是有用了。毕竟在卧底失败之前，他都不知道他还有小姨一家。在任务结束后，不和小哀再有来往也没什么。
后来小哀研制出了成功的解药，一共就2颗，给了柯南。柯南奇怪地问道：“你自己不吃吗？”
小哀语气平静地说：“我觉得现在的生活也挺不错的。”她从小在黑衣组织的监视和压迫下，没有童年，甚至连朋友都没有，现在反而有亲情和友情，所以选择不变大，只解决了停止生长的问题。
在真纯保证不会把A药的事情说出去后，柯南把一颗解药给了她。为了不伤害到少年侦探团的感情，柯南借口他的父母接他去美国，要转学离开。少年侦探团哭得稀里哗啦，柯南也非常难过，他也已经和这些孩子形成了深厚的感情，可这也是没办法，他必须变回新一。
同样赤井也找了个借口，他就必要好解释了，就说毕业了要去其他城市生活。少年侦探团虽然遗憾带他们玩的冲矢哥哥也要离开了，但好接受很多。
真纯虽然是为了柯南才转学到日本的，但她在这里过得挺开心的，所以决定毕业了再回英国。她在学校里遇见了回来上学的新一，两人假装不认识，但因为以前形成的默契，所以同学们觉得他们都是侦探，有共同话题，才那么快熟络起来。
新一花了点时间才适应高中生生活，某天他在街上遇到了赤井，好奇地问：“赤井先生，你还没回美国吗？”
赤井摘掉墨镜，回答：“我是来参加秀吉的婚礼的。”
“太阁名人和由美小姐吗？”新一也是见证了警视厅爱情物语的，一转眼秀吉和由美都要结婚了。
赤井看见新一手里的巧克力：“这是送给服部的吗？”
新一害羞地摸了摸鼻子，因为马上就要到情人节了，所以他特意去买了巧克力。“我只是正好在便利店看见了。”他转而问道：“你和琴酒……”
赤井很坦然地回答：“偶尔约个会，和以前差不多。”他后来还是留在了FBI，FBI给了他很优渥的待遇，他知道FBI是冲着他和琴酒的关系。
琴酒和各国都有着秘密交易，这个时代最值钱的就是情报，这既能让他们都获得利益，同时也给琴酒增加了保障。现在琴酒应该是大家都不想惹的人了，所以保留赤井这个交接人非常必要。
由美邀请了少年侦探团，所以在婚礼上，赤井和小哀久违的见面了。这个时间小哀已经上小学高年级了，长高了不少。赤井想了想，还是没和小哀说话，毕竟他们应该是不认识的。赤井见过雪莉的照片，现在长大点的小哀已经有点雪莉的高冷美人感觉了。其实小哀和明美长得不像，明美完全是黄种人长相。
已经变大的玛丽也来了，这一家颜值都超级高，惹人惊叹。由美到现在才是第一次见秀吉的家人，她原以为秀吉的家人都是慢吞吞的乐天派，没想到秀吉是唯一的特例。她甚至觉得在玛丽、赤井面前压力很大，就本来就认识的真纯要好一点，忍不住悄悄和佐藤说，还好玛丽他们不住在日本，否则她都不知道怎么相处。
由美的一些交警同事也来参加婚礼，被正装赤井迷的神魂颠倒，得知赤井不是单身后惋惜不已。赤井暗暗呼了口气，实在是没办法解释他和琴酒的关系，其实他一直觉得他们不算是在交往。以琴酒的性格，他也不可能和别人交往。所以为了避免麻烦，他干脆说自己有男朋友。因为琴酒基本不出现在人前，这导致一些不清楚他情况的人以为赤井其实是单身，但为了躲开桃花故意说自己有男朋友。
秀吉和由美切结婚蛋糕的时候，赤井收到了琴酒的短信，非常莫名其妙的六个点。赤井困惑地回了个问号，但是琴酒没动静了。赤井实在捉摸不透琴酒的心思，即使相处了这么久，他还是无法看穿琴酒。他干脆不管了，面带微笑地望向新人，鼓起掌来。
披露宴结束后还有二次会，玩到很晚才结束。赤井回到酒店，泡了杯蜂蜜水解酒，刚想在沙发上小憩一会儿再去洗漱，没过多久就听到开门声。他猛的睁开眼睛，看见琴酒突然出现。
琴酒大步走进来，几步就走到了赤井面前，二话不说就动手。赤井大吃一惊，立刻反击，可惜最后还是被打过，被琴酒按在沙发上。赤井咬牙切齿，这混蛋是吃蛋白粉长大的吗？
“你干什么？”
琴酒不说话，直接开干。
赤井骂骂咧咧。先是发奇怪的短信，现在又这样。他没有告诉琴酒自己的行程，琴酒怎么知道他来日本的？还能找到他住的酒店。赤井被折腾的晕过去，迷迷糊糊间感觉琴酒似乎带着他换了几个地方，最后在床上被握着脚腕弄。
早上醒来的时候，赤井觉得浑身都散架了，屁股痛的要命。琴酒有空去看看精神科吧！他爬起来，倒吸了口气。他发现自己的手机的位置变了，立刻拿来检查了下，发现明美发给他的短信被删掉了。“琴酒！你删了我的短信？”
琴酒从卫生间出来，冷漠地说：“那又怎么了？”
“你凭什么动我的手机？”
“你果然对那个女人念念不
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